الفهرس 
AbstractOnly 14 pages are availabe for public view
 |  | from | 142 |  |  |
| | | from | 142 | | |
Abstract
مرض الحمى القلاعية هو مرض فيروسي شديد العدوى يصيب الحيوانات الأليفة والبرية ذات الظلف المشقوق. يعتبر فيروس الحمى القلاعية فيروسا مستوطنا في مصر، مع ثلاثة أنماط مصلية منتشرة (A ، O ، و SAT2). بالنسبة لوضع الفيروس في مصر ، يتميز النمط المصلي SAT2 بالنمط العلوي VII فقط ويتم تصنيفه إلى ثلاث سلالات متميزة: SAT2 / VII / Ghb-12 و SAT2 / VII / Alx-12 و SAT2 / VII / Lib-12 ؛ النمط المصلي A سائد مع النمط العلوي الآسيوي (Iran-05) والنمط العلوي الأفريقي (الأنماط الجينية IV و VII)؛ يتواجد أيضا النمط المصلي O مع الأنماط العلوية في الشرق الأوسط وجنوب آسيا وشرق إفريقيا (EA-3).
عينات فيروس الحمى القلاعية الممثلة في الدراسة الحالية (عدد = 44) تم تجميعها أثناء تفشي الفيروس من ثماني محافظات مصرية (السويس ، بورسعيد ، الإسماعيلية ، الدقهلية ، القليوبية ، المنوفية ، الشرقية ، البحيرة) بين عامي 2018 و 2020. تم جمع العينات من الحيوانات المشتبه إصابتها اكلينيكيا بمرض الحمى القلاعية. تم جمع العينات من اللسان ، النسيج الظهاري ، والسائل الحويصلي ، والسائل الفموي. تم اختبار العينات بواسطة طاقم الإليزا المرتبط بالأنزيم للكشف عن المستضد والتي تكشف عن وجود فيروس الحمي القلاعية والأنماط المصلية O و A و SAT1 و SAT2 ؛ أظهرت نتائج استخدام طاقم الإليزا أن 36 عينة كانت موجبة ومصنفة للأنماط المصلية (A ، O ، و SAT2). تم استخلاص الحمض النووي الريبوزي من جميع العينات محل الدراسة وتم الكشف علي العينات باستخدام تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل في الوقت الحقيقي للكشف عن وجود فيروس الحمي القلاعية بشكل عام و كذلك الكشف عن النمط المصلي المحدد لنوع فيروس الحمي القلاعية الذي يعتمد علي استهداف البروتين الفيروسي 1. كانت جميع العينات إيجابية عن طريق الكشف باستخدام اختبار تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل في الوقت الحقيقي، وتم تحديد النمط المصلي لـعدد 38 عينة بواسطة اختبار تفاعل إنزيم البلمرة المنتسلسل في الوقت الحقيقي القائم على النمط المصلي.
تم عزل ثلاثة عشر عينة التي كانت أظهرت نتائج إيجابية باستخدام اختبار تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل في الوقت الحقيقي و لها قيم حد الدورة تتراوح من 18 إلى 24 على خلايا كلي من الهامستر. تم الحفاظ على خلايا كلي الهامستر عن طريق إضافة الحد الأدنى من الوسائط الأساسي حتى ظهور أثر الإعتلال الخلوي (تكسر الجسور داخل الخلايا ، والتقريب ، والتورم ، والتسطيح والتكتل للخلايا ، وتقشير الخلايا ، وفصل الخلايا عن الخلية قوارير الثقافة). تم استخراج الحمض النووي الريبي للعينات المعزولة وتم استهداف منطقة البروتين الفيروسي1 إكثارها باستخدام تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل للنمط المصلي التقليدي. كشف اختبار تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل التقليدي المستند إلى البروتين الفيروسي1 أن إحدى عشرة عينة كانت من النمط المصلي SAT2، وعينة واحدة كانت من النمط المصلي O، وعينة واحدة من النمط المصلي A. تم تنقية ناتج إكثار تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل للعينات المعزولة و عمل التتابع الجيني في كلا الاتجاهين باستخدام البواديء الأمامية والخلفية، و ذلك بعد تحديد النوع المصلي لفيروس الحمي القلاعية.
كشف تحليل الشجرة الجينية للأنماط المصلية الخاصة بفيروس الحمي القلاعية (A و O و SAT2) التقارب الجيني بين سلالات فيروس الحمي القلاعية من مصر والسودان ونيجيريا وإثيوبيا وليبيا، مما يشير إلى أن انتقال الحيوانات بين دول جنوب الصحراء الأفريقية يمكن أن يؤدي إلي انتشار فيروس الحمى القلاعية. أوضح تحليل الشجرة الجينية أن المعزلات من النوع SAT2 تتبع النمط العلوي VII و Lib-12 بدرجة كبيرة من الارتباط تصل إلي (98.5٪). معزولة فيروس الحمي القلاعية من النوع A تقع ضمن مجموعة G-IV من النمط العلوي الأفريقي وتتعلق بالسلالة اللقاحية المحلية المستخدمة حاليًا من النمط المصلي A من سلالة إيران -05 بنسبة تماثل 84.9٪ من الأحماض الأمينية. المعزولة المصرية لفيروس الحمي القلاعية من النمط المصلي O تتقارب جينيا مع سلالة السودان (SUD / 2/86) والتي تعد تسلسلًا أوليًا للنمط العلوي (EA-3) ، و كشف تحليل الشجرة الجينية أيضا عن ارتباط المعزولة المصرية الجديدة بالسلالات المصرية التي تم عزلها في عام 2016 بنسبة تماثل 97.7٪ - 99.2٪.
عانت مصر من موجات وبائية شديدة من النمط المصلي SAT2 / Lib-12 ، وتم تصنيف معظم العينات محل الدراسة على أنها من النمط المصلي SAT2 بنسبة ( (54.5٪من عدد المعزلات. ركزت معظم دراسات التسلسل الجيني و الشجرة الجينية حول فيروس الحمى القلاعية في مصر بشكل أساسي على المناطق الجينية التي تشفر إلي البروتينات الهيكلية (البروتين الفيروسي1) التي تصنف النمط المصلي لـفيروس الحمي القلاعية. في هذه الدراسة ، تم إجراء اختبار التتابع الجيني لمنطقة ORF لعينة من النوع SAT2/ Lib-12 وتحليله جينيا لتحديد الاختلافات الجزيئية في البروتينات الفيروسية الهيكلية وغير الهيكلية. استند تحليل التتابع الجيني لمنطقة ORF إلى استخدام تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل التقليدي مع عدة بادئات متداخلة و عمل تحليل جيني لنواتج إكثار تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل وتجميعها معا لـتصل إلي عدد 7219 نيوكليوتيدات.
تحليل الشجرة الجينية لمنطقة ORF صنف المعزولة من نوع SAT2 في مجموعة واحدة مع سلالات 2018 من إثيوبيا (MT602091) وغانا (LC456875) وسلالات 2014 من نيجيريا (MN103523) بمتوسط نسب تشابة جيني تصل إلي 94.9 ٪. أظهر تحليل منطقة capsid وجود نغييرات للنيوكليوتيدات، وكانت منطقة VP4 هي الأكثر ثباتا بعدد ستة بدائل فقط، وأظهرت مناطق VP1 أعلى نسبة تغير للنيوكليوتيدات. أظهر تحليل منطقة البروتينات غير الهيكلية (A2 ،2B ، 2C ، 3A ، 3B ، 3C ، D3) أن هناك نسبًا أعلى من الأحماض الأمينية الغير متغيرة، و نسب النيوكليتيدات المترادفة لغير المترادفة، مما يعكس درجة كبيرة من الثبات بين مختلف معزولات SAT2. البروتينات غير الهيكلية 3A و 3B لها درجة كبيرة من التنوع الجيني، أظهر التحليل الجيني لبروتين 2C درجة عالية من التشابه مع الأحماض الأمينية من جميع الأنماط العلوية لنوع SAT2 بنسبة تتجاوز 90٪، ومع الأنماط المصلية السبعة لفيروس الحمي القلاعية بنسبة تتجاوز 85٪. ستساعد نتائج الدراسة في الكشف عن مصدر فيروس الحمى القلاعية وتصميم لقاحات جديدة معدلة.